Cómo hacer el recobro de incapacidades no pagadas por la EPS en tu empresa (Guía completa 2025)

En Colombia, las incapacidades médicas certificadas son un derecho fundamental de los trabajadores para proteger su salud y estabilidad económica durante una enfermedad o accidente que impida laborar. Sin embargo, a veces las empresas enfrentan el reto de que las EPS (Entidades Promotoras de Salud) no realicen oportunamente el pago de estas incapacidades, generando un impacto financiero y administrativo.

Desde Zolutti, expertos en outsourcing de seguridad social, te explicamos paso a paso cómo hacer el recobro de incapacidades no pagadas por la EPS para que tu empresa pueda recuperar esos valores y cumplir con la normativa vigente.

¿Qué son las incapacidades y quién debe pagarlas?

Las incapacidades médicas son los certificados que justifican la ausencia laboral debido a una enfermedad común, accidente de trabajo o enfermedad profesional. En Colombia:

  • La EPS es responsable de pagar la incapacidad desde el día 2 hasta el día 180 (en algunos casos especiales puede extenderse).
  • El empleador debe pagar el primer día de incapacidad.
  • Para incapacidades superiores a 180 días, la responsabilidad puede pasar a Colpensiones.

El no pago oportuno o la negativa por parte de la EPS puede afectar la liquidez de la empresa y la estabilidad del trabajador.

¿Por qué se presentan incapacidades no pagadas?

Las causas más comunes por las que una EPS puede no pagar una incapacidad son:

  • Errores en la radicación o documentos incompletos.
  • Incapacidades expedidas fuera de la red autorizada o sin la debida validación.
  • Inconsistencias en la información del trabajador o la empresa.
  • Pagos retenidos por investigaciones o revisiones médicas.
  • Retrasos administrativos o tecnológicos.

Pasos para el recobro de incapacidades no pagadas por la EPS

  1. Revisar el certificado y las fechas
    Verifica que la incapacidad esté expedida correctamente, con fecha válida y por un profesional autorizado.
  2. Verificar que la incapacidad esté correctamente radicada en la EPS
    Confirma en la plataforma de la EPS o en el Sistema de Seguridad Social Integral (SISPRO) que la incapacidad fue registrada.
  3. Solicitar comprobante de radicación
    Pide a la EPS el soporte de la radicación para demostrar que el documento fue recibido.
  4. Hacer seguimiento formal a la EPS
    Presenta un derecho de petición para solicitar el pago o explicación del retraso, citando la normatividad vigente (Resolución 2346 de 2007 y Decreto 780 de 2016).
  5. Radicar reclamación ante la EPS
    Si no hay respuesta, realiza la reclamación formal por escrito en la EPS.
  6. Solicitar la intervención del Ministerio de Salud o la Superintendencia de Salud
    En caso de no obtener solución, eleva la queja a estas entidades para que intervengan.
  7. Recuperar los valores pagados por la empresa
    Si la empresa asumió el pago, puede hacer un proceso interno de recobro contra la EPS, aportando toda la documentación soporte.

Documentos indispensables para el recobro

  • Certificado original de la incapacidad
  • Comprobante de radicación en la EPS
  • Soporte del pago realizado por la empresa (nómina o recibos)
  • Contrato laboral del trabajador
  • Correspondencia con la EPS (derechos de petición, reclamaciones)
  • Documento de identidad del trabajador

Normatividad clave para el recobro de incapacidades en Colombia

  • Ley 100 de 1993: Regula el Sistema de Seguridad Social Integral.
  • Resolución 2346 de 2007: Establece los requisitos para la expedición y pago de incapacidades.
  • Decreto 780 de 2016: Reglamenta procedimientos para incapacidades.
  • Sentencia C-646 de 2015: Establece derechos laborales relacionados con incapacidades.

¿Cómo puede ayudar Zolutti con el recobro de incapacidades?

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  • Asesoría legal y administrativa para el proceso de recobro
  • Gestión de la radicación y seguimiento con las EPS
  • Preparación y presentación de derechos de petición y reclamaciones
  • Soporte documental y auditoría para evitar errores
  • Coordinación con entidades reguladoras para intervención
  • Acompañamiento completo para que la empresa recupere sus valores sin estrés ni demoras

Beneficios de un recobro efectivo de incapacidades

  • Recuperas recursos económicos que la empresa asumió indebidamente
  • Mejoras la gestión financiera y flujo de caja
  • Cumples con la normatividad y evitas sanciones por pagos indebidos o faltantes
  • Fortaleces la relación con los trabajadores, al garantizar el manejo adecuado de incapacidades
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